La cosecha de peces de un sistema de acuacultura doméstico requiere un enfoque cuidadoso para minimizar el estrés y garantizar el bienestar animal. Para peces como tilapias, que son comúnmente criados en casa, se utilizan redes de mano o trampas especiales que permiten recogerlos de manera eficiente. Antes de la cosecha, es ideal reducir la alimentación para limpiar sus sistemas digestivos, lo que facilita el procesamiento posterior.

Una vez cosechados, los peces deben ser procesados rápidamente para mantener la frescura. El procesamiento implica la eutanasia humana, seguida de la limpieza y, si se desea, el fileteado del pescado. Es crucial llevar a cabo estos pasos de acuerdo con las prácticas recomendadas para asegurar la calidad del producto final y la seguridad alimentaria.

Para aquellos que practican la acuacultura ornamental, la cosecha suele estar más enfocada en la reubicación o venta de peces maduros, y se debe hacer con el mismo cuidado para mantener la salud de los peces. En todos los casos, los residuos generados durante el procesamiento deben ser manejados de manera responsable para evitar impactos ambientales adversos.